Ejercicios propuestos
Ejercicio 1.- Utilizando la selección de 18 fotografías en vista dorsal obtener matrices de morfocoordenadas a partir de landmarks anatómicos utilizando el software Tpsdig.
1.a.-Definimos landmarks anatómicos
1.b.-Procesando cada una de las imágenes de las distintas especies, los convertimos en matrices de morfocoordenadas a partir de los landmarks anatómicos utilizando el software Tpsdig.
Ejercicio 2.- Procesar las matices de morfocoordenadas y poner de manifiesto los cambios de forma mediante el software MorphoJ.
2.a.- Abrimos un nuevo proyecto en MorphoJ y añadimos todas las matrices de morfocoordenadas definiendo variables.
2.b.- Analizamos la variación de la forma con el fin de tener una orientación para el posterior ajuste de figuras geométricas homotéticas.
Ejercicio 3.-Utilizando la selección de 18 fotografías en vista dorsal ajustarlas a un modelo geométrico provisional mediante el software Geogebra.
3.a.-En la primera imagen seleccionada inventariamos los landmarks anatómicos reconocibles y a un conjunto seleccionado entre ellos ajustamos figuras geométricas que se integrarán en un primer modelo provisional de diseño paramétrico. Definimos unos valores iniciales y unas reglas que impondremos al sistema de tal forma que la simple variación de los parámetros originales expliquen la variabilidad del conjunto de las homologías.
3.b.- El modelo provisional se ajusta a cada una de las imágenes que representan la anatomía de las distintas especies objeto de estudio y si el ajuste no es posible en todas las imágenes se modifica el modelo tantas veces como sea necesario.
Ejercicio 4.- Obtener matrices de morfocoordenadas a partir de los landmarks matemáticos utilizando el software Tpsdig.
4.a.- Definimos landmarks matemáticos basándonos en el modelo provisional
4.b.- Procesando los modelos provisionales ajustados a cada una de las imágenes de las distintas especies, los convertimos en matrices de morfocoordenadas a partir de los landmarks matemáticos utilizando el software Tpsdig.
Ejercicio 5.- Proceso de la matiz de morfocoordenadas mediante el software MorphoJ.
5.a.-Analizamos los componentes principales de la serie de homologías anatómicas de las especies estudiadas y las dividimos en grupos basados en los componentes que explican más del 70% de la varianza.
5.b.- Analizamos la varianza entre grupos y obtenemos el gráfico de los vectores que indican la variación de la posición de los landmarks matemáticos.
Ejercicio 6.- Obtención de modelos explicativos de la variación interespecíca. Las geometrías de los modelos deben de ser simples y representar una proyección en el plano de un “sólido primitivo” en caso de estar trabajando en 2D o al propio sólido (prisma rectangular, esfera, cilindro, cono, cuña, toroide) en el caso de 3D. Utilizaremos el software Geogebra (para 2D) y el Blender (para 3D).
6.a.- Asociando entre si los extremos de los vectores por un lado y los orígenes de los mismos por otro a sendas geometrías semejantes creamos las bases para el modelo definitivo en 2D. Podemos utilizar para ayudar en la presentación el sotware de dibujo GIMP.
6.b.-El modelo en 3D podemos recrearlo utilizando el software Blender.
Ejercicio 7.- Pasar a tablas los valores de los diferentes parámetros y ver sus relaciones. Utilizaremos el software R, Pajek y Mesquite básicamente. Si la morfogénesis sigue unas proporciones primarias prestablecidas a lo largo de la evolución, sólo hará falta dar valores a un solo parámetro para que se forme una u otra representación de la anatomía completa. Los valores representarán de alguna forma a la especie y el intervalo de los mismos a agrupaciones taxonómicas superiores.
7.a.-Procesar los valores que representan las especies.
7.b.- Procesar los intervalos de los valores que representan agrupaciones taxonómicas.
Ejercicio 8.- Utilizando la selección de 18 fotografías en vista caudal correlacionar nuevos valores calculados en esta vista con los valores de los parámetros obtenidos anteriormente en vista dorsal. Se puede emplear el software Geogebra.
8.a.- Crear una plantilla que permita modificar la escala de los parámetros de la vista dorsal para adaptarlos a la vista caudal. Para ello hay que definir puntos homólogos en ambas vistas.
8.b.- El modelo obtenido se ajusta en las las 18 especies a cada pareja de imágenes, pudiendo tomar de la imagen dorsal un sólo parámetro.
Ejercicio 9.-Repetir los 8 primeros ejercicios estudiando la variación intraespecífica de las especies con mayor número de ejemplares fotografiados.
9.a.- Tursiops truncatus
9.b.-Delphinus delphis
9.c.-Stenella longirrostris
9.d.- Stenella attenuata
9.e.-Phocena phocena
Ejercicio 10.- Completar los modelos tomando en cuenta las radiografías de Delphinus delphis y las seciones longitudinales y transversales de Phocena phocena.
10.a.- Aplicar los modelos 2D realizados en Delphinus delphis a las radiografías utilizando el software Geogebra.
10.b.- Ampliar los modelos 2D obtenidos en el estudio de Phocena phocena a modelos 3D utilizando el software Blender.